En resumen  no hemos notado cambios importantes en el rendimiento del sistema ni más rapido ni más lento, por lo que dejamos a cada uno elija su uso o no. Para cambiar nuestro sistema de FAT16 a FAT32 o viceversa, deberemos de formatear el disco duro, de momento hasta la llegada de Windows98 el cual lo mas probable, incorporará una utilidad en este sentido permitiendo cambiar de un tipo de FAT a otro sin formatear. Indicamos también que en la actualidad ya hay software que permite hacerlo sin formatear.

Los programas bajo ms-dos funcionan perfectamente con fat32 (a excepción de las norton utilities, etc) siempre y cuando sea arrancando el msdos que incluye esa versión de windows o una sesión normal de ms-dos. 

Fuente:
Directorio adfound